Siendo Presidente de la República el Sr. Bernardo Soto y como Ministro de Instrucción Pública don Mauro Fernández, se publica en el Diario Oficial (La Gaceta) el acuerdo No.9 del 27 de enero de 1887 en el que se ordena la fundación del Instituto de Alajuela y nombrando como primer Director a don Miguel Obregón Lizano. Su inauguración fue el 12 de febrero de 1887.
Luego se iniciaría la construccion del edificio propio, frente al costado sur del parque Tomás Guardia, donde actualmente está el edificio que alberga el Teatro Municipal.
En 1904 luego de su cierre durante seis años debido a algunas dificultades, se reabre el colegio y como no había local, se laboró en la casa de Don Ramón Aguilar L. al costado oeste del Parque Juan Santamaría.
En 1906 se traslada el colegio a lo que fue la Casa Cural y ahora es un estacionamiento y local de venta de helados Pops. Fue el sitio en que se ubicó la casa de don Dionisio Oconitrillo, en la que se dio lo que podríamos llamar “Misa fundacional de Alajuela” el 12
de octubre de 1782.
En 1909 se abre la sección de señoritas.
Francisco Antonio Pacheco Fernández
En 1910 se realiza la Primera Graduación de Bachilleres. Los primeros bachilleres fueron: Ramón Padilla Soto, Aurelio Salazar Salazar, años más tarde profesor del plantel, Eliécer Sibaja Lobo y Marco Aurelio Soto Palma, todos alajuelenses.
En el año 1924 se establece el uniforme tradicional y se estrena el Himno del Instituto de Alajuela, letra del Director Don Luis Dobles Segreda y música de Don José Daniel Zúñiga. “Venid, compañeros, venid a entonar…”
En 1933 se interpreta por primera vez la Marcha del Instituto de Alajuela. “Amigos, venid, un himno a cantar, que aquí van los hombres de paso marcial…”
En 1933 se organizan las primeras olimpiadas intercolegiales y fue el Instituto con mucha honra el primer campeón Intercolegial olímpico.
Monseñor Román Arrieta
En 1956, con motivo de cumplirse el centenario de la Batalla de Rivas se inaugura la banda de música del Instituto, cuya organización estuvo a cargo del músico don Tobías Sanabria, fue todo un éxito. Años antes funcionó una banda de tambores y clarines, que fue alabada en todas sus presentaciones.
Luis Alberto Monge
En 1962 se inaugura las instalaciones actuales (frente a Plaza Acosta, calle ancha de Alajuela centro), amplio y confortable edificio que alberga hoy día a la población estudiantil.
En 1987 se cumplieron 100 años de la fundación delInstituto de Alajuela. En 1997 la Asamblea Legislativa por gestión del Diputado Rolando González declara con toda justicia al Instituto de Alajuela “Institución Benemérita y
Centenaria de la Educación Costarricense”.
Por nuestro colegio, una de las instituciones de enseñanza secundaria con mayor trayectoria en el país y uno de los cuatro primeros colegios de toda la Nación, los alajuelenses hemos visto con orgullo como han pasado por sus aulas grandes personalidades como son Monseñor Román Arrieta, Don Luis Alberto Monge (Presidente de la República Periodo 1982-1986), deportistas como Álvaro Solano y Alejandro Morera Soto, diputados como el Lic. Víctor Hugo Alfaro, Dr. Álvaro Aguilar Peralta, Prof. Rolando González, políticos como el Dr. Francisco Antonio Pacheco (cuatro veces presidente de la Asamblea Legislativa), periodistas como don Guillermo Villegas, músicos como Marvin Araya Director de la Filarmónica Nacional y muchas otras personalidades orgullosas de haber sido parte de esta gran Institución.
Anhelamos seguir presentes en el desarrollo de la formación académica y ciudadana de la juventud alajuelense.